Hotarubi no Mori e'nin hikayesi, hayaletlerin yaşadığı büyülü bir ormanda kaybolan küçük bir kız olan Hotaru'nun etrafında dönüyor. Genç bir çocuk olan Gin, Hotaru'nun karşısına çıkar, ancak onu ortadan kaldırmaktan korktuğu için ona dokunamaz.
